Mikael Agricola syntyi 1500-luvun alussa Torsbyn kylässä Pernajassa, joka sijaitsee ruotsinkielisellä Itä-Uudellamaalla.

Mikael Agricolalla ja hänen vaimollaan Birgitta Olavintyttärellä oli yksi poika, Kristian. Mikael Agricola oli pojastaan ilmeisen ylpeä, sillä tämän syntymästä on mainittu eräissä Agricolan suomentamissa teoksissa. Kristian Agricolasta tuli myöhemmin Tallinnan piispa, mutta hänellä oli vain yksi tytär, Brita. Mikael Agricolan suku sammui mieslinjalla hänen poikansa myötä. Pojantyttären kautta linja jatkui 1700-luvulle asti.

Vuonna 1554 Agricola nimitettiin Turun ordinariukseksi eli piispaksi.

Ruotsalaisten ja venäläisten välillä oli jatkuvasti rajariitoja ja muita rauhattomuuksia. Vuonna 1557 kuningas Kustaa Vaasa lähetti Moskovaan rauhanvaltuuskunnan, johon Mikael Agricola osallistui Suomen edustajana.  Paluumatkalla huhtikuun 9. päivänä Mikael Agricola kuoli Kuolemajärven pitäjässä Kyrönniemen edustalla. Hänet haudattiin Viipuriin, mutta tarkkaa hautapaikkaa ei kukaan tiedä.